Para não permitir que boletos de clientes bloqueados sejam enviados em novas remessas, acesse:
Na aba Configurações Bancárias, próximo do final da página localize o campo "Validar clientes bloqueados ao baixar remessa".
Se marcar como Sim, os boletos de clientes bloqueados NÃO irão entrar em novas remessas, se marcar como Não, o sistema não valida essa informação, e irá inserir na remessa boletos de clientes, independente se estiver com bloqueio ou não.